大アゴの湾曲は少なく、内歯も小さい。鋸の歯状の小突起が見られる。体型や体色はオオクワガタに似ているが、横から見るとオオクワガタのように立体的ではなく平たい。特にメスはオオクワガタとよく似ているが、オオクワガタの上翅には明瞭な点刻がありので見分けることができる。しかし幼虫の場合は更に酷似している為、見分けるのも困難。ヒラタクワガタは気が荒く、触れようとすると大アゴを使って威嚇し、材の下から噛み付こうとして出てくることもある程。この性質は幼虫時代にも見られるようで、「触ると怒って噛み付こうとする幼虫」というところで他の幼虫と見分ける人もいるようです。

成育環境は、立ち枯れの白腐れから赤腐れに近い根元付近まで利用でき、幼虫の場合はオオクワガタよりも湿度の高い環境を好み、材の根元に近い部分に多くみられることから「根喰い」と呼ばれるクワガタの一種です。